基質(zhì)的選擇一般要滿足以下要求：無毒無害,、透氣穩(wěn)定、方便易得,、干凈無菌。
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一般河沙,、珍珠巖,、椰糠,、進口泥炭土、巖棉等都可以作為無土栽培基質(zhì),；其中珍珠巖、椰糠,、進口泥炭和巖棉應(yīng)用最廣,。
珍珠巖體積輕,、無毒無菌,、理化性質(zhì)穩(wěn)定且非常廉價,，在大面積基質(zhì)栽培中應(yīng)用較廣。不過保水能力差,、容易粉化,、營養(yǎng)液擴散差,、過于輕而固定性差是它的弱點，如果供液不及時,、滴灌不均勻,，作物容易出現(xiàn)缺水萎蔫,，一般會配合泥炭土、椰糠等來使用,。
進口泥炭有不同的粗細規(guī)格，一般10-30mm和20-40mm適用于蔬果的基質(zhì)栽培,，保水性,、通氣性,、生根性均不錯，是目前基質(zhì)栽培最廣泛使用的材料,。
不過泥炭土屬于不可再生資源,，國內(nèi)的東北草炭土一般以苔草樹枝物分解而成，穩(wěn)定性差,，一般需摻混別的基質(zhì)來使用；進口泥炭土資源多數(shù)是高緯度泥炭蘚濕地的長年堆積物,，穩(wěn)定性非常好,，可單獨應(yīng)用，并能重復(fù)使用2-3茬,。
巖棉是輝綠石,、石灰?guī)r、焦炭三者按 3:1:1 混合,，經(jīng)高溫熔化噴成的透氣吸水纖維。優(yōu)點是孔隙度大,，可達 96%,，吸水性強。巖棉在歐洲的蔬菜無土栽培上應(yīng)用面積最廣,，是最常用的無土栽培基質(zhì)之一。
椰糠（以及椰殼）的透氣性、保水性都比較理想,，而且無毒無菌、材料可再生,、性質(zhì)穩(wěn)定（經(jīng)過消毒可連續(xù)使用2-3年），是最理想的基質(zhì)栽培之一,。椰糠的缺點是鹽分含量高，但經(jīng)過清水及營養(yǎng)液的沖洗可以消除這個問題,。
目前還有成型的壓縮椰糠栽培袋銷售，可快速鋪設(shè)基質(zhì)栽培設(shè)施,，方便易用,。