技術要求高,，普遍推廣較困難
因作物不同品種和不同生長階段對養(yǎng)分的需求不同,，導致營養(yǎng)液的配置與管理需要有接受過技術培訓的專業(yè)人員完成，不能廣泛地被一般的勞動者所掌握．營養(yǎng)液配置時所用的專用化肥,，市場上不易買到,，并且價格高昂。
廢棄液存在污染環(huán)境的風險
無土栽培離不了營養(yǎng)液,，與營養(yǎng)液配制相配套需一系列設備，如,，測試系統(tǒng),、循環(huán)泵等，并且如果是開放式栽培技術,，存在廢棄營養(yǎng)液硝酸鹽含量高,，排放后易引起水體富營養(yǎng)化的危險；
缺乏專用品種的選育
由于無土栽培系統(tǒng)的特殊性，迫切需要選育滿足植物根系抗病害,、耐低溫,、弱光、優(yōu)質,、高產的實用型專用品種,，不僅可以提高作物的產出率，還可以創(chuàng)新產品市場,，豐富產品類別,，如廣西壯族自治區(qū)棗樹矮化進行無土栽培。
政府的扶持力度不夠
目前國內出臺了很多惠民政策，其中就包括農機具補貼,，但大多數(shù)省份就只有設施大棚有補貼,，而實現(xiàn)無土栽培自動化及智能化所需要的智能溫室并不在扶持范圍內。