水耕的營養(yǎng)液配方一般主要使作物長得好長得快,，但水耕配方中可能缺乏人體所需的物質(zhì),，尤其在現(xiàn)在的科學知識有限之下，水耕栽培的產(chǎn)品無法像土壤中栽培的健全是可以推測的,。
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1,、生命科學在30多年來已大有進步,，可是對人類的抗病、抗癌及健康與天然物質(zhì)有關的知識尚嫌不足,，只在有限的營養(yǎng)配方中生長的作物,，將產(chǎn)生何種缺失，不是立即能估計的,，這點值得討論與思考,。
2、現(xiàn)在科學知識中已知硒（Se）是人類的微量元素,，尤其最近更顯示癌癥,、心臟疾病及其他疾病與體內(nèi)的硒含量有關。過去并不知硒有何重要,，因為在土壤栽培的食物一般都含有這個元素,。
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3,、硒就像其地重金屬一樣，大量攝取是有毒的,，長期食用不健全的食物或偏食不健全的食物,，都可能是問題的來源。水耕栽培作物可以大量直接吸收加入營養(yǎng),，這些營養(yǎng)是植物營養(yǎng),，不一定是人體的營養(yǎng)，我們需要有這種認知,。
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4,、吸收大量無機營養(yǎng)的作物,，若未經(jīng)轉(zhuǎn)化而累積，它的安全性需要列入考慮,，尤其需要控制硝態(tài)氮或亞硝態(tài)氮,，以及所用植物養(yǎng)分中所含之重金屬的問題,，需要觀察及檢測，并加強產(chǎn)品品質(zhì),。
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5,、水耕栽培的基質(zhì)或營養(yǎng)液需重視循環(huán)利用，減少對環(huán)境污染：水耕栽培的營養(yǎng)液或基質(zhì)使用數(shù)次后,，由于作物根部分泌物的大量釋放,，不易種出優(yōu)良的產(chǎn)品，于是需要棄置,。不當?shù)臈壷靡部赡茉斐森h(huán)境污染,，尤其是大量使用過的營養(yǎng)液被棄置，應重視棄置的位置,，及循環(huán)再利用的研究,。